Menschenrechtsverbrechen bleiben in Indonesien meist unbestraft. Falls Ermittlungen aufgenommen werden, versanden sie häufig oder landen vor einem Militärgericht und werden mit Disziplinarstrafen belegt.
Diese Straflosigkeit untergräbt das Vertrauen der Opfer oder ihrer Familien in den Staat, lässt sie allein und verweigert ihnen die Anerkennung ihren Leidens.
In Bezug auf die Tragödie von 1965 veröffentliche die Nationale Menschenrechtskommission Komnas HAM im Jahre 2012 einen Bericht, der verschiedene Fakten feststellt, die Voraussetzung sind um das Geschehen weiter angemessen gerichtlich verfolgen zu können. Die Ereignisse werden juristisch als „schwere Menschenrechtsverletzungen“ eingestuft, Der Bericht weist zudem nach dass Regierungsangehörige in die Ereignisse beteiligt waren. Seit seiner Veröffentlichung wäre es Sache des Generalstaatsanwaltes, weitere Untersuchungen einzuleiten. Bislang geschieht nichts.
In Indonesien hat sich die Straflosigkeit von Menschenrechtsverletzungen seitdem und bis heute fortgesetzt und bildet ein wesentliches Hindernis für menschenrechtliche Entwicklungen.
Bis heute werden frühere wie aktuelle Übergriffe kaum geahndet. Das betrifft beispielsweise Morde, Vergewaltigungen und Verschleppungen während der Unruhen Ende der 90er Jahre in Jakarta oder ähnliche Übergriffe in der isolierten Region Papua. Aber auch Menschen die die Milieu der Kleinkriminalität zugerechnet werden können nicht auf Ausgleich für übermäßige Polizeigewalt hoffen.
Dabei steht nicht nur die gerichtliche Verfolgung im Fokus. Amnesty International sieht es besonders bei schweren Menschenrechtsverletzungen als dringlich an, dass die Ereignisse z.B. durch Wahrheitskommissionen und andere Formen gesellschaftlicher Aufarbeitung bewältigt werden.